MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Cylindrospermum stagnale PCC 7417 plasmid pCYLST.03

Total Repeats: 94

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019758	AAC	2	6	11	16	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_019758	CTAA	2	8	20	27	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_019758	GA	3	6	2354	2359	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_019758	AC	3	6	2908	2913	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
5	NC_019758	CAAAA	2	10	3248	3257	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_019758	A	8	8	3254	3261	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_019758	T	6	6	3294	3299	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_019758	ATT	2	6	3312	3317	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_019758	CAA	2	6	3355	3360	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_019758	CT	3	6	3435	3440	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
11	NC_019758	CAA	2	6	3447	3452	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_019758	CT	3	6	3527	3532	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
13	NC_019758	CAA	2	6	3539	3544	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_019758	CT	3	6	3619	3624	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
15	NC_019758	CAA	2	6	3631	3636	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_019758	CAA	2	6	6557	6562	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_019758	TAAA	2	8	6568	6575	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_019758	ATT	2	6	6594	6599	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_019758	ACT	2	6	6611	6616	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_019758	CGC	2	6	8520	8525	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
21	NC_019758	GTT	2	6	8641	8646	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
22	NC_019758	AGC	2	6	8913	8918	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_019758	CAATT	2	10	8963	8972	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_019758	GTAG	2	8	9594	9601	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_019758	CTT	2	6	10244	10249	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_019758	TGCC	2	8	10278	10285	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
27	NC_019758	TTC	2	6	10286	10291	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_019758	TAA	2	6	10313	10318	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_019758	TC	3	6	10805	10810	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
30	NC_019758	ACT	2	6	10881	10886	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_019758	ATT	2	6	10917	10922	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_019758	ATA	2	6	10946	10951	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_019758	GTA	2	6	10958	10963	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_019758	TACT	2	8	10987	10994	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_019758	T	6	6	11003	11008	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_019758	CTT	2	6	11073	11078	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_019758	ATA	2	6	11079	11084	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_019758	GTA	2	6	11142	11147	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_019758	GCT	2	6	11219	11224	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_019758	CGGT	2	8	11296	11303	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
41	NC_019758	A	6	6	11393	11398	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_019758	AGCCA	2	10	11406	11415	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
43	NC_019758	CAGC	2	8	11419	11426	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
44	NC_019758	GTA	2	6	11532	11537	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_019758	AAT	2	6	11638	11643	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_019758	TGA	2	6	11680	11685	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_019758	TTA	2	6	11800	11805	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_019758	ATT	2	6	11819	11824	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_019758	CA	3	6	11994	11999	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
50	NC_019758	TG	3	6	12146	12151	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
51	NC_019758	AAT	2	6	12321	12326	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_019758	TAA	2	6	12340	12345	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_019758	TCA	2	6	12460	12465	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_019758	TAT	2	6	12501	12506	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_019758	TAC	2	6	12608	12613	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_019758	ATA	2	6	12614	12619	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_019758	GCTG	2	8	12719	12726	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
58	NC_019758	TGGCT	2	10	12730	12739	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
59	NC_019758	T	6	6	12747	12752	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_019758	GGCG	2	8	12817	12824	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
61	NC_019758	CTACA	2	10	12876	12885	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
62	NC_019758	ATA	2	6	12891	12896	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_019758	GTC	2	6	13111	13116	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_019758	TTAAA	2	10	13248	13257	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_019758	T	6	6	13267	13272	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_019758	AT	4	8	13290	13297	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_019758	CTT	2	6	13304	13309	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_019758	CCA	2	6	13311	13316	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
69	NC_019758	ACT	2	6	13375	13380	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_019758	A	6	6	13403	13408	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_019758	CGGT	2	8	13428	13435	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
72	NC_019758	T	7	7	17476	17482	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_019758	GCT	2	6	17500	17505	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_019758	CAG	2	6	17575	17580	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_019758	T	8	8	17582	17589	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_019758	AGT	2	6	17647	17652	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_019758	ATA	2	6	17682	17687	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_019758	TCT	2	6	17705	17710	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_019758	TA	3	6	17767	17772	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_019758	T	7	7	17790	17796	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_019758	TA	3	6	18425	18430	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_019758	CTA	2	6	18447	18452	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_019758	ATA	2	6	18474	18479	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_019758	AGT	2	6	18481	18486	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_019758	AAC	2	6	18513	18518	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_019758	GGAA	2	8	19235	19242	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
87	NC_019758	CAAT	2	8	19252	19259	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
88	NC_019758	AGC	2	6	19297	19302	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_019758	TAG	2	6	19308	19313	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
90	NC_019758	TGC	2	6	19314	19319	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_019758	AC	3	6	19367	19372	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
92	NC_019758	A	6	6	19398	19403	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_019758	AATT	2	8	19451	19458	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_019758	T	6	6	20079	20084	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.